Der hochtalentierte, 17-jährige Hobbydetektiv Shin’ichi Kudô verwandelte sich durch ein missglücktes Giftattentat in seine Kindergestalt zurück. Nun ermittelt er heimlich als Conan Edogawa im Körper eines 7-jährigen.

Eines Tages findet er im Haus seines väterlichen Freunds Professor Agasa eine Nachricht des berühmten Architekten Teiji Moriya vor, der ihn zu einer Gartenparty einlädt. Da Shin'ichi in seiner jetzigen Gestalt natürlich nicht auf der Feier erscheinen kann, bittet er seine Freundin Ran telefonisch an seiner Stelle an der Veranstaltung teilzunehmen. Kurz darauf beginnt ein unheimlicher Bombenleger sein Spiel mit Shin'ichi zu treiben, in dem er ihm anonym Tipps gibt, wo in der Stadt Bomben versteckt sind. Der junge Detektiv hat alle Hände voll zu tun, die Explosionen zu verhindern. Am Abend darauf ist Shin'ichi mit Ran im Kino verabredet, das sich in einem von Moriya entworfenen Wolkenkratzer befindet. Doch kurz vor ihrer Verabredung erfährt er, dass im gesamten Wolkenkratzer Bomben versteckt sind. Ein Wettlauf mit der Zeit und um das Leben von Shin'ichis großer Liebe beginnt …